نرم‌افزار کاربردی در این آزمایشگاه کوارتوز ۲ است که به‌روزترین و کاربردی‌ترین نرم‌افزار در حیطه FPGAها است. دانشجو پس از فراگیری مدارهاي داخلی FPGA ها با معروفترین مدل این آی‌سی یعنی  Altera Acex۱سیمولینک مدارهاي منطقی به‌صورت شبیه‌‌سازی و یا استفاده از پروگرام کردن برد آموزشی در محیط برنامه‌نویسی C را انجام مي‌دهد. ابتدا شماتیک مدار ترسيم مي‌شود و برنامه آن نوشته مي‌شود، به‌طوري‌که در پایان دانشجو خود قادر به طراحی مدارها و یا تحليل برنامه‌ها در این آزمایشگاه مي‌شود.